FREDON Nouvelle-Aquitaine répond à différentes missions : 

• Epidémiosurveillance (Bulletin Santé du Végétal, Effets Non Indésirables, les fermes DEPHY, les groupes 30 000)
• Inspection contrôle (Contrôle de l'exécution des Mesures Ordonnées, Export, Passeport Phytosanitaire, Surveillance des Organismes Réglementés Emergents)
• Agriculture (Plans d'action collectifs, luttes collectives)
• Expérimentation (Unité d'expérimentation BPE, site d'expérimentation de Cognac)
• Environnement (Autres gestions d'espaces publics et privés, Collectivités, Gestionnaires de grands linéaires, Sensibilisation grand public)
• Santé publique et projets