Pour les organismes de quarantaine ou de lutte obligatoire, détectés sur notre territoire, FREDON peut être chargée de veiller à la bonne application des mesures administratives et techniques, prises par le SRAL (Service Régional de l’Alimentation).

Cette action consiste à réaliser un diagnostic sanitaire du respect de la mise en oeuvre des mesures phytosanitaires ordonnées par l'État comme un contrôle de l'assainissement de plants contaminés dans un environnement pépinière sur la maladie de la Sharka, du feu bactérien ou du chancre coloré du platane par exemple.